本教材分为7章。第1章介绍理解群体遗传学所需的概念和方法背景。第2章着重于理解哈迪—温伯格定律，使我们能够比较一个种群随时间变化的实际遗传结构与在哈迪一温伯格平衡（即，不进化）时预期的遗传结构。第3～5章分别阐述了随机遗传漂变、基因流和自然选择对群体遗传结构影响的重要性和进化效应。第6章是关于数量遗传学和进化，提供了将自然选择、遗传变异和适应性进化的速度和方向定量联系起来的经典理论框架，主要侧重于具有连续变异的性状。第7章是群体遗传学在树木改良与遗传保护中的应用。在第2章到第6章，我们还介绍了用于群体遗传学分析的相关软件包，在每一章的最后都有复习思考题供学生进一步掌握关键知识。

前言
第1章 群体遗传学概述
1.1 历史背景
1.2 遗传变异检测
1.3 群体遗传进化的基本动力
1.4 林木群体遗传学研究的基本问题
复习思考题
第2章 哈迪—温伯格定律
2.1 群体概念
2.2 基因型与基因频率估计
2.2.1 分子标记选用
2.2.2 遗传抽样与统计抽样
2.2.3 基因型和基因频率估计方法
2.2.4 自助样方法
2.3 哈迪—温伯格平衡（HWE）
2.3.1 基因型频率与基因频率关系
2.3.2 哈迪―温伯格平衡检验
2.4 连锁不平衡LD
2.4.1 配子LD
2.4.2 高阶LD
2.4.3 LD检验
2.4.4 产生LD的过程
2.5 交配系统分析
2.6 Wahlund效应
2.7 分析软件介绍
复习思考题
第3章 遗传漂变
3.1 遗传漂变过程
3.1.1 基因频率变化趋势
3.1.2 基因溯祖过程
3.2 有效群体大小Ne
3.2.1 Ne概念及影响因素
3.2.2 应用分子标记估计N
3.3 瓶颈效应
3.4 遗传漂变与突变互作
3.4.1 无限等位基因模型
3.4.2 无限位点模型
3.4.3 中性和近中性理论
3.4.4 中性理论检验
3.5 遗传漂变与重组互作
3.5.1 IBD区段分布
3.5.2 LD沿基因组变化
3.6 遗传漂变与定向选择互作
3.6.1 优势基因丢失概率
3.6.2 弱势基因固定概率
3.7 分析软件介绍
复习思考题
第4章 群体遗传结构
4.1 植物群体结构形成基础
4.1.1 基因扩散障碍
4.1.2 动植物群体结构形成差异
4.2 群体结构模型
4.2.1 岛屿模型
4.2.2 Stepping-stone模型
4.2.3 距离隔离模型
4.3 渐变群
4.4 谱系地理变异
4.4.1 分子方差分析
4.4.2 地理结构存在测验
4.4.3 统计简约网络
4.4.4 嵌套枝分析
4.4.5 谱系分选
4.5 种群基因流估计
4.6 Nei氏遗传距离
4.7 花粉流与种子流
4.8 种间基因渐渗
4.8.1 ABBA-BABA检验
4.8.2 TreeMix分析
4.8.3 IM模型
4.8.4 IIM模型
4.8.5 AFS模型分析
4.8.6 ABC分析
4.9 基因流与突变互作
4.10 分析软件介绍
复习思考题
第5章 自然选择
5.1 自然选择的遗传基础
5.1.1 选择度量
5.1.2 适合度组成
5.1.3 选择类型
5.2 选择检测
5.2.1 相继世代基因型频率变化
5.2.2 DNA序列变异
5.2.3 数量性状变异
5.2.4 基于选择与其他进化过程互作途径
5.2.5 小结
5.3 选择与其他进化过程互作
5.3.1 选择与遗传漂变互作
5.3.2 选择与基因流互作
5.3.3 选择与突变互作
5.3.4 选择与交配系统互作
5.4 分析软件介绍
复习思考题
第6章 数量性状变异与进化
6.1 数量性状变异的遗传基础
6.1.1 数量性状遗传变异
6.1.2 遗传方差与基因频率关系
6.1.3 QTL定位分析
6.2 亲属间的相似性
6.2.1 亲属间相关性
6.2.2 方差成分和遗传力估计
6.3 遗传增益与分子标记应用
6.3.1 遗传增益
6.3.2 分子标记辅助选择
6.3.3 基因组选择
6.3.4 育种值预测
6.4 数量性状遗传变异维持与进化
6.4.1 进化方程
6.4.2 遗传变异维持
6.4.3 遗传保护中保持进化的潜势
6.5 分析软件介绍
复习思考题
第7章 群体遗传学在树木改良与遗传保护中的应用
7.1 背景
7.2 树木改良
7.3 种源试验
7.4 遗传标记
7.5 如何研究地理变异
7.6 地理变异模式
7.7 遗传保护
7.7.1 抽样策略
7.7.2 案例分析
7.8 小结
复习思考题
参考文献
附录
附录1 专业词汇表
附录2 物种学名