教材内容归纳为一条主线、两个基础、四个层次。一条主线，即将生物发酵技术中各研究对象共性的规律提炼出来，按照发酵工艺过程和创新创业教育为主线（菌种培养基种子扩培发酵过程控制）来编排教学内容。两个基础，即生物学基础、工程学基础，坚持两个基础并重，让学生在掌握生物学基本原理的基础上，认识发酵过程的放大与控制的基本特点。四个层次，即围绕初级代谢、次级代谢、基因工程产物、生物转化这四大典型的发酵过程来精选案例，让学生在了解共性的基础上对生物过程的特点有一个全面的认识。
本教材采用项目任务模式编写，全书共分为8个项目，内容根据发酵工程职业岗位（群）对技术操作人员知识和能力要求，包括：生物发酵岗前准备、生产菌种的制备、生产培养基的制备、发酵设备、发酵生产中的无菌技术、发酵过程的调控、发酵产品的分离纯化和典型产品的发酵生产。